המבנה של מסנן HEPA כולל בעיקר את החלקים הבאים:
חומר פילטר: פילטר HEPA משתמש בדרך כלל בנייר סיבי זכוכית אולטרה סינון כחומר פילטר, בעל יעילות סינון גבוהה. חוזק המתיחה האורך של נייר המסנן צריך להיות לא פחות מ- 0. 7 kn\/m, וכוח המתיחה הרוחבי צריך להיות לא פחות מ- 0. 5 kn\/m.
לוחית מחיצה: המסנן משתמש בנייר לוח פלסטיק, לוח נייר אלומיניום וחומרים אחרים המקופלים כוחות חלוקה, המסייעים בשיפור יעילות הסינון ויציבות מבנית.
חומר איטום: איטום פוליאוריטן חדש משמש לאיטום כדי להבטיח כי חלקי המסנן משולבים בחוזקה למניעת דליפה.
מסגרת חיצונית: המסגרת החיצונית של פילטר HEPA עשויה בדרך כלל מגיליון מגולוון, יריעת נירוסטה או פרופיל סגסוגת אלומיניום. עובי הגיליון המגולוון וגיליון הנירוסטה הוא בדרך כלל בין 1. 0 מ"מ ו -2. 0 מ"מ, ועובי פרופיל סגסוגת האלומיניום צריך להיות 1.5 מ"מ עד 2. 0 מ"מ.
סוג המחיצה: ניתן לחלק את פילטר HEPA לשני סוגים: עם מחיצה וללא מחיצה. המסנן עם המחיצה משתמש במחיצת נייר אלומיניום, בעוד שלסנן ללא מחיצה אין מחיצה ומשתמש ישירות במבנה נייר פילטר ובמבנה לוחית המחיצה.
תכנון עמיד לטמפרטורה גבוהה בטמפרטורה: מסנן האוויר העמיד לטמפרטורה גבוהה עמיד בטמפרטורה גבוהה עשוי סיבי זכוכית עמידים לטמפרטורה גבוהה או נייר פילטר סיבי זכוכית אולטרה-דין, מחיצת נייר אלומיניום ומסגרת נירוסטה, והיא אטומה ומורכבת עם איטום עמיד לטמפרטורה גבוהה. תכנון זה מאפשר לו לעבוד יציב בסביבת הטמפרטורה הגבוהה, ומתאים לתנורים נקיים במיוחד, מכונות ניקוי נקייה במיוחד, תעשייה כימית וציוד ומערכות אחרות הדורשות טיהור אוויר בטמפרטורה גבוהה.